Si les 189 sites d’écluse constituent la majeure partie des ouvrages d’art du canal, il ne faut pas oublier les ouvrages de franchissement et ceux liés à l’alimentation en eau. Quelques éléments remarquables se distinguent sur le linéaire, notamment le tunnel de Pouilly au niveau du bief de partage et les passages en tranchée.
C’est l’ouvrage phare du canal de Bourgogne, celui qui a suscité le plus d’études, avant, pendant et après sa construction. Il est vrai que ce tunnel de 3,3 kilomètres, percé sous la montagne, est une véritable prouesse technique pour ce début du 19e siècle.
Sur les 32 puits creusés pour l'extraction des terres et la descente des matériaux1, seuls 18 furent conservés pour l'aération du tunnel après sa mise en service. Il n'en subsiste aujourd’hui plus que 14, bien visibles de l'extérieur. Leurs margelles ont été exhaussées de 3 m pour favoriser la circulation de l'air après l'installation d'un système de touage à vapeur en 18672.
En 1823, l'ingénieur Charles Forey fixe le tracé du tunnel du bief de partage et définit son gabarit3. A la suite des terrassements, les travaux principaux sont adjugés en 1827 à l'entrepreneur Guillemot, un ancien avocat qui ne visite le chantier que rarement, après en avoir confié la conduite à un ingénieur retraité4. L'ensemble de l'ouvrage est achevé en 1831 sans banquettes de halage, ce qui rend difficile son franchissement. L'ingénieur Philibert Lacordaire, après avoir suivi cet important chantier avec son collègue Jean Bonnetat, rédige le certificat de réception définitive le 7 décembre 18325. La voûte fait l'objet de plusieurs réfections dans les années 1850 puis, en 1909, Louis Dolfini, de La Rochepot, restaure les piédroits, le radier et les têtes du tunnel d'après le projet dressé le 27 avril 1908 par l'ingénieur Hégly6. Un projet du début du 20e siècle destiné à en augmenter le tirant d'air par exhaussement de la voûte ou abaissement du radier semble n'avoir jamais été réalisé7.
Les premières sont envisagées dès les projets proposés par l’ingénieur Abeille au début du 18e siècle et modifiés par Jean-Rodolphe Perronet dans les années 17708. Elles permettent d’abaisser le seuil de partage. Lors de la reprise des travaux, en 1813, Charles Forey propose un passage en souterrain au niveau de Pouilly.
Neuf passages en tranchée, tous situés en Côte-d’Or, sont également construits pour faciliter la navigation, principalement sur le versant Yonne. Deux d'entre eux prolongent de chaque côté le souterrain du bief de partage à Pouilly. Quatre autres facilitent le passage des biefs 13, 14 et 15 du versant Yonne, vers Eguilly, et les trois derniers permettent de passer Montbard (biefs 64, 65 et 69 du versant Yonne). Des gares d’évitement y sont ménagées pour faciliter le croisement des bateaux.
