Les premières sont envisagées dès les projets proposés par l’ingénieur Abeille au début du 18e siècle et modifiés par Jean-Rodolphe Perronet dans les années 1770. Elles permettent d’abaisser le seuil de partage. Lors de la reprise des travaux, en 1813, Charles Forey propose un passage en souterrain au niveau de Pouilly.
Neuf passages en tranchée, tous situés en Côte-d’Or, sont également construits pour faciliter la navigation, principalement sur le versant Yonne. Deux d'entre eux prolongent de chaque côté le souterrain du bief de partage à Pouilly. Quatre autres facilitent le passage des biefs 13, 14 et 15 du versant Yonne, vers Eguilly, et les trois derniers permettent de passer Montbard (biefs 64, 65 et 69 du versant Yonne). Des gares d’évitement y sont ménagées pour faciliter le croisement des bateaux.